Ahad pagi pukul 00.15 WAS atau pukul 04.15 WIB. Pada tanggal 20 November 2011
Sejak dinyatakan sakit jantung oleh dokter, jarang sekali Abah mengeluh tentang penyakitnya. Semua aktifitas dijalaninya dengan biasa, bahkan dengan kesibukan yang semakin bertambah setiap harinya. Sebagaimana diketahui, bahwa selain mengelola pesantren yang memiliki banyak lembaga pendidikan formal, Abah juga aktif di organisasi NU, MAJT (Masjid Agung Jawa Tengah), MUI Jateng, dan kegiatan lainnya. Banyaknya kegiatan tidak memperparah sakit yang dideritanya. Jarang keluarga atau orang terdekatnya mendengar keluh kesah tentang penyakitnya .
Penyakit jantung yang dideritanya ini mulai diketahui ketika tahun 1998. Saat itu mendadak terkena serangan jantung dan kemudian dirawat di RS Jantung Jakarta. Setelah di rawat dan dinyatakan sembuh, Beliau menjalankan rutinitas hariannya seperti biasa tanpa pernah sekalipun mengontrol jantungnya.
Hingga di tahun 2010, Abah menderita penyakit diabetes militus dan di rawat di rumah sakit Islam Tegal. Ditengah perawatan itu, keluarga mempunyai inisiatif untuk memeriksa kondisi jantung Abah. Kabar mengejutkan dari dokter spesialis jantung yang menangani Abah, bahwa jantung Abah harus dipasang 6-7 cincin untuk membantu kerja jantung Abah. Pemasangan cincin dilakukan di rumah sakit Kariadi Semarang (wawancara dengan Gus Sholah, 16 Mei 2016).
Selain mensyukuri nikmat sehat yang diberikan oleh Allah SWT, kecintaan Abah terhadap Nabi Muhammad SAW membuat Beliau selalu mengungkapkan bahwa ingin hidup bersanding dengan Rasulullah, sehingga Beliau sangat berharap dapat meninggal di tanah suci Makkah bersanding dengan Rasulullah SAW. Dengan mempunyai cita-cita seperti itu, Abah memutuskan untuk berangkat haji dan sebagai penanggung jawab serta pembimbing KBIH (Kelompok Bimbingan Ibadah Haji) Sanabil memimpin 99 jamaah haji yang berasal dari desa-desa sekitar Desa Benda, yaitu Sirampog, Bumiayu, dan desa lainnya. Keputusan Abah semakin kuat setelah dokter spesialis jantung yang memeriksa Abah menyatakan bahwa kondisi Abah sehat dan berhak mendampingi jamaah haji .
Abah berangkat menjalani ibadah haji dari Solo sampai ke Makkah dengan kondisi kesehatan yang baik. Abah pada saat itu, terjaga dengan baik, bahkan sampai menjalankan ibadah thawaf wada’. Bermula saat perjalanan dari Makkah menuju Madinah untuk melaksanakan ibadah sholat arba’in, Abah mengaku merasakan sakit. Padahal, selama ini Abah jarang mengeluh walaupun saat sakit. Beliau beranggapan, bahwa mengeluh hanya akan membebani keluarga. Pada saat itu, Abah merasakan kecapaian. Petugas pun kemudian membawa Abah ke Balai Pengobatan Haji Indonesia (BPHI) di tanah Madinah. Karena kondisinya terus menurun, akhirnya petugas melarikan ke Rumah Sakit Al-anshor. Sabtu pagi, kondisi Abah sempat membaik, bahkan selang ventilator yang terpasang dilepas oleh tim dokter .
Namun, Sabtu malam pukul 23.00 WSA (Waktu Saudi Arabia) kondisi Abah kembali menurun. Di rumah sakit tersebut, di tanah suci Madinah, K.H. Masruri Abdul Mughni di panggil ke haribaan Allah SWT, Ahad pagi pukul 00.15 WAS atau pukul 04.15 WIB. Pada tanggal 20 November 2011, Abah meninggal saat menunaikan ibadah haji, mengalami serangan jantung dan meninggal dalam usia 68 tahun .
Kepergian Abah yang begitu mendadak, sontak membuat keluarga dan santri tidak percaya. Mereka masih berharap bahwa kepergian Abah hanya sebentar seperti yang sering Beliau lakukan ketika ada kegiatan NU di Semarang, bahkan ketika Abah menjadi pembimbing haji, dan kepergian Abah hanya sebentar dan pasti kembali. Namun, harapan itu hanya sebuah harapan belaka karena Allah SWT sudah memutuskan kehendak-Nya, bahwa Abah Masruri sudah dipanggil untuk selama-lamanya. Kecintaan keluarga, santri, dan masyarakat tidak dapat mengalahkan kecintaan Allah kepada Abah. Tidak ada firasat apapun saat menjelang kepergian Abah ketika hendak melaksanakan ibadah haji ke tanah suci Makkah. Kepergian seperti biasa selalu berpamitan kepada santri-santrinya sekaligus memohon doa atas keselamatan dan kelancaran dalam melaksanakan ibadah haji .
Wafatnya K.H. Masruri cukup mengejutkan bagi banyak kalangan, terutama keluarga dan para santri. Sebab, saat berangkat ke Tanah Suci untuk melaksanakan ibadah haji, Beliau tampak sehat. Keberangkatan almarhum ke menunaikan ibadah haji, ditemani istrinya, yaitu Hj. Wiwik Muzdalifah dan tiga orang anaknya yang juga menunaikan ibadah haji. Istri dan tiga anak ikut mendampingi Abah berangkat ibadah haji . Setelah dishalati di Masjid Nabawi selepas shalat subuh, atas permintaan Abah sendiri jenazah Beliau di makamkan di komplek pemakaman Baqi’ di dekat Masjid Nabawi. “Kami sepakat untuk dimakamkan di sana dan saat Beliau hidup juga mengatakan sangat cinta dan ingin bersanding dengan Nabi Muhammad SAW. Doa itu ternyata dikabulkan dan Abah wafat di Madinah”, tutur Gus Sholahuddin (Wawancara dengan Gus Sholah 16 Juni 2016).